Orthomoleculaire therapie is een behandelingsmethode die vooral gebruik maakt van zogenoemde "persoonlijke optimale" concentraties voedingsstoffen, zoals vitaminen, mineralen, enzymen, aminozuren, orgaanconcentraten, glyconutriënten, essentiële vetzuren e.d. stoffen die van nature ook in het lichaam aanwezig zijn. Orthomoleculaire therapie benadrukt de rol van gezonde voeding bij het vinden van een goede gezondheid. Deze therapie gaat ervan uit dat het tegenwoordige westerse voedselpatroon onvoldoende essentiële voedingsstoffen levert en aan de basis ligt van veel (welvaart) aandoeningen.

De behoefte aan deze voedingsstoffen kan bovendien door milieuvervuiling, ziekten en individuele biochemische verschillen, sterk uiteenlopen. Aanvulling van deze nutriënten door middel van gezonde voeding en extra voedingssupplementen levert voldoende balans op.

Supplementen kunnen mogelijk het lichaam in staat stellen deze aandoeningen te bestrijden, dan wel het ontstaan ervan te vertragen. Voor een dergelijk effect zouden hogere, "optimale" concentraties voedingsstoffen nodig zijn die vaak niet alleen uit de dagelijkse voeding te halen zijn. Vandaar dat in deze therapie vaak gebruik wordt gemaakt van voedingssupplementen, naast een gezonde voeding.

Biochemisch gezien is ieder mens anders. Daarom is het belangrijk om bij elk cliënt te onderzoeken wat voor hem de optimale voedingsniveaus zijn. Een hoge dosering kan effectief zijn maar dit kan vaak alleen onderzocht worden door middel van een proefbehandeling.

Linus Pauling, chemicus en tweevoudig Nobelprijswinnaar, introduceerde de term 'orthomoleculaire therapie' in het tijdschrift Science  in 1968.

Hij definieerde dit toen als: Orthomoleculaire therapie heeft als doel het behouden van een goede gezondheid en het behandelen van ziektes door het veranderen van de concentraties van substanties die normaal in het menselijk lichaam aanwezig zijn. 

Principes in de orthomoleculaire geneeskunde
Volgens de orthomoleculaire arts Richard A. Kunin gelden de volgende principes in de orthomoleculaire geneeskunde:

Bij medische diagnoses en behandeling moet in eerste instantie op voeding gelet worden. Kennis van voedingsmiddelen, enzymen, hormonen, antigenen, antistoffen en andere in de mens voorkomende moleculen zijn belangrijk om een goede zorg te bieden in een medische praktijk. Dit komt doordat een behandeling met een dieet aangevuld met voedingssupplementen een laag vergiftigingsrisico heeft.

Het gebruik van medicijnen zorgt altijd voor een hoger vergiftigingsrisico. Daarom is een orthomoleculaire behandeling indien die beschikbaar is, beter dan een behandeling door middel van medicijnen.

Biochemisch gezien is ieder mens anders. Daarom is het belangrijk om bij elke patiënt te onderzoeken wat voor hem de optimale voedingsniveaus zijn. Een hoge dosering kan effectief zijn maar dit kan vaak alleen onderzocht worden door middel van proefbehandelingen.

Lucht-, water- en voedselvervuiling komt vaak voor. Bij elk patiënt moet ook onderzocht worden in hoeverre in het lichaam vervuiling en gifstoffen verzameld heeft.

De Aanbevolen Dagelijkse Hoeveelheid (ADH) is een minimale hoeveelheid bedoeld voor gezonde mensen die volgens de richtlijnen van het Voedingscentrum eten, dit is slechts 2% van de Nederlanders.

De uitdaging is om je hele leven optimaal gezond te blijven.
Door steeds te zoeken naar optimale voedingsniveaus en deze continu te aan te passen, rekening houdend met veranderingen in het lichaam, is het mogelijk om een gezondheidsniveau te bereiken dat eerder niet mogelijk was.
Naast deze medische principes beschrijft Kunin ook een aantal ethische principes die als gedragsregels tegenover de patiënt gelden.

Synthetisch versus natuurlijk
Het verschil tussen natuurlijk en synthetisch kan als volgt worden aangegeven. Natuurlijke voedingsstoffen zijn stoffen die in de natuur ontstaan zijn en als zodanig voorkomen. Deze stoffen kunnen van plantaardige of van dierlijke oorsprong zijn. Synthetische (of kunstmatige) voedingsstoffen zijn stoffen die in een laboratorium ontstaan. Deze stoffen kunnen in chemische structuur totaal nieuw zijn, dat wil zeggen niet in opbouw en structuur overeenkomen met stoffen die in de natuur voorkomen. De werking van dergelijke stoffen is daarom niet gelijk aan de werking die natuurlijke voedingsstoffen hebben.

De winning van vitaminen kan verschillend zijn, maar dit hoeft geen invloed te hebben op hun werkingswijze. Het lichaam kan niet onderscheiden of een vitamine uit een plant is gewonnen of in een laboratorium werd vervaardigd, wanneer de chemische opbouw en structuur gelijk is.

Vitaminen bij medicijnen
Vooral bij het gebruik van medicijnen is het belangrijk te letten op een extra toevoer van vitaminen, mineralen en spoorelementen. Het langdurig gebruik van medicijnen kan mogelijk de vitaminebalans in het lichaam verstoren. Vooral ouderen en chronisch zieken kunnen daardoor een vitaminetekort oplopen. Maar ook veel gebruikte hormoonhoudende medicijnen, zoals de anticonceptiepil, kunnen mogelijk de splitsing van de foliumzuurverbinding uit de voeding afremmen. Hierdoor kan het lichaam slechts in mindere mate beschikken over foliumzuur. Dit zijn maar enkele voorbeelden.

Er zijn ook medicijnen die de omzetting, opslag of uitscheiding van vitaminen beïnvloeden. Antibiotica schakelen bijvoorbeeld niet alleen ziekteverwekkende bacteriën uit, maar ook nuttige darmbacteriën die vitamine K aanmaken. Veel medicijnen hebben bovendien bijwerkingen als misselijkheid, overgeven, verstopping of diarree. Door deze neveneffecten op het maagdarmkanaal neemt de eetlust af en daarmee ook de inname van vitaminen.

Ontgifting en Ontzuring
Geneesmiddelen en synthetische medicatie zijn, in tegenstelling tot vitaminen en andere voedingsstoffen, geen natuurlijke substanties en worden door het lichaam mogelijk als vreemde of giftige stoffen beschouwd. Medicijnen moeten dan in de lever (de stofwisselingscentrale van het lichaam) worden ontgift. Bij dit ontgiftingsproces worden duizenden vitamine C-moleculen verbruikt, die dan niet meer beschikbaar zijn voor andere noodzakelijke functies in het lichaam. Op den duur zullen er steeds minder van deze vitamine C-moleculen voor de ontgifting van opnieuw ingenomen farmaceutische geneesmiddelen gebruikt kunnen worden. Hierdoor hoopt het vergif zich op in het lichaam, vooral in de levercellen, waar het mogelijk tot beschadiging van de lever kan leiden. Vaak is het lichaam bij medicijngebruik sterk verzuurd, de lichaamseigenenzymen kunnen dan niet meer optimaal hun werk doen. Daarmee is duidelijk waarom in de bijsluiter van vrijwel alle medicijnen gewaarschuwd wordt voor beschadiging van de lever. Als er langdurig veel medicijnen worden gebruikt, is het gelijktijdig innemen van hoge doseringen vitaminen mogelijk zinvol.

Betrouwbare dubbelblinde gerandomiseerde wetenschappelijke onderzoeken aangaande de toepassing van voedingsstoffen bij diverse ziektebeelden zijn op te zoeken in Science, Nature of Pubmed.